Les élèves boursiers de l'enseignement secondaire accèdent moins aux classes préparatoires aux grandes écoles scientifiques (CPGE) que les élèves non boursiers en raison d'un plus faible niveau scolaire moyen mais aussi, même pour les plus talentueux, d'une moindre propension à demander une prépa scientifique. Ainsi, sur la période 2013-2017, 6,9% des boursiers en terminale S souhaitent intégrer cette filière, contre 9,8% chez les non-boursiers. Admis en CPGE, les étudiants boursiers de l'enseignement supérieur ont des performances en moyenne inférieures aux autres étudiants, à niveau scolaire initial donné. Une part de l'écart est attribuable à leurs candidatures moins nombreuses dans les prépas qui occupent une place prépondérante dans la réussite aux grandes écoles scientifiques. Mais une autre part relève de performances propres inférieures, suggérant un désavantage persistant de nature financière ou culturelle. Au final, si les élèves boursiers de l'enseignement supérieur constituent 26,4 % des élèves inscrits en MPSI ou en PCSI, ils ne représentent que 17,4% de ceux intégrant l'une des 23 écoles des trois grands concours communs, et seulement 12,7% pour les 7 écoles les plus prisées. Pour ces dernières, le taux de boursiers est ainsi divisé par 2.
