Dans le cadre de la stratégie « Europe 2020 », l'Union européenne s'est fixé pour objectif d'investir au moins 3 % du produit intérieur brut (PIB) dans la recherche et le développement. En 2012, la France est encore en deçà de cette cible (2,2 %). À l'échelle régionale, cependant, Midi-Pyrénées la dépasse largement (4,8 % du PIB régional) et l'Île-de-France l'atteint (3,0 %). La Franche-Comté et Rhône-Alpes en sont également très proches. En 2011, Midi-Pyrénées était la sixième région européenne en termes d'effort de recherche. En France, dans l'ensemble des régions, la recherche est d'abord exercée en entreprise. En administration, elle est présente dans toutes les régions via notamment les universités. Les emplois de recherche sont concentrés dans les grandes agglomérations, davantage que les autres emplois. L'Île-de-France accueille 40 % des doctorants, contre un quart de l'ensemble des étudiants.
Entre 2010 et 2012, 53 % des sociétés de 10 salariés ou plus ont innové parmi celles relevant du champ de l'enquête Innovation. 37 % des sociétés ont innové en produits ou procédés et 42 % en organisation ou marketing. Une société sur six a introduit des produits nouveaux qui n'existaient pas sur le marché. À champ sectoriel constant, la propension à innover est quasiment stable entre les périodes 2008-2010 et 2010-2012. Les sociétés exportatrices innovent davantage que les autres (64 % contre 43 %), en particulier pour créer de nouveaux produits. Près de la moitié des sociétés innovantes ont reçu un soutien financier public. Les sociétés qui répondent à des marchés publics ou qui réalisent des travaux de sous-traitance pour un tiers sont en moyenne plus innovantes.
